La costruzione della chiesa risale ai primi decenni del Cinquecento; nel 1531 si svolse nel convento il Capitolo dei Francescani Neri, come riportato in una iscrizione.
La chiesa presenta delle rifiniture gotiche con tracce antiche di un arco a sesto acuto sulla porta della facciata. L'interno è a navata unica. Nel 1532 venne edificata la cappella dedicata a Santa Caterina interamente affrescata con scene della vita di Santa Caterina e del suo martirio e con le raffigurazioni dei Santi Medici e del martirio di Sant'Agata. Dal coro si accede a una cripta sotterranea di origine basiliana sorretta da 36 colonnine su quattro linee e contenente tracce di affreschi bizantini.